המגוון הרחב של אוספי התיעוד בגנזך המדינה כולל בתוכו גם תעודות רבות שהינן בעלות ערך גניאולוגי, כלומר, ניתן להיעזר בהן לצורך חקר תולדות המשפחה.
פעמים רבות, מכילים תיקים אלה תעודות שהגישה אליהן מוגבלת בשל צנעת הפרט. על כן, מומלץ לברר מראש האם יש צורך באישורים כלשהם לשם עיון בחומר המבוקש.
הרשימה הבאה מכילה את האוספים המרכזיים שבהם ניתן למצוא ריכוז גדול של תעודות בעלות ערך גניאולוגי מובהק. יחד עם זאת יש להניח, כי גם באוספים נוספים, אשר לא צוינו ברשימה שלהלן, יימצאו תיקים ותעודות אשר עשויים לסייע לחקר תולדות המשפחה.

א. ספרי נפוס עות'מאניים (חטיבה 39)
ב. ממשלת פלשתינה (א"י): מחלקת ההגירה (חטיבה 11)
ג. משטרת פלשתינה (א"י): תיקי עולים בלתי-ליגליים (חטיבה 17)
ד. ממשלת פלשתינה (א"י): האפוטרופוס על נכסי האויב (חטיבה 91)
ה. ממשלת פלשתינה (א"י): מושל מחוז לוד – קצין מחוז ת"א (חטיבה 24)
ו. משרד הקליטה והעלייה: רשימות עולים (חטיבה 136)
ז. מפקד האוכלוסין של ועד הקהילה העברית בירושלים (חטיבה 172)
ח. הקונסוליה הגרמנית בירושלים (תת חטיבה 67.1)
ט. משרד הפנים – מרשם התושבים 1949-1948 (סדרה 73.0/6)
י. משרד הפנים – האגף לעליה ומרשם (סדרה 73.0/4)
יא. ועדת הבחירות המרכזית לכנסת – פנקסי הבוחריםלכנסת (חטיבה 52)

א. ספרי נפוס עות'מאניים (חטיבה 39) (קישור לחטיבה)

ברשות גנזך המדינה שמור אוסף יחיד במינו של ספרים המכילים נתונים גולמיים ממפקדי האוכלוסין העות'מאניים שנערכו בארץ-ישראל בין השנים 1875 עד 1918. בספרים אלה, המכונים ספרי "נַפוּס" (מילולית: ספרי "נְפַשוֹת") רשומים בעיקר הנתינים הטורקים בארץ-ישראל: מוסלמים, יהודים ונוצרים, על כתותיהם ועדותיהם. תושביו של כל יישוב נרשמו על-פי השתייכותם העדתית והדתית ובתת-חלוקה על-פי בתי-אב (משפחות). האוסף כולל 465 כרכים, הנחלקים על-פי מפתח גיאוגרפי. הרישום נערך למטרות מיסוי וגיוס לצבא.
בין השאר, ניתן למצוא בספרים אלה את שמותיהם המלאים של התושב ושל הוריו, תאריך ומקום לידתם, מצב משפחתי, ולעתים גם סימני-היכר שונים (קומה, צבע עיניים וכו').
כל הרישום בפנקסים הוא בשפה הטורקית באותיות ערביות, למעט שבעה ספרי רישום של קהילת האשכנזים בירושלים, שהם בעברית.
לעזרת המעיינים בחומר פרסם גנזך המדינה מדריך מפורט: "מפקדי האוכלוסין העות'מאניים בארץ-ישראל, 1875 – 1918", בעריכת יונתן פגיס.

ב. ממשלת פלשתינה (א"י): מחלקת ההגירה (חטיבה 11)
מחלקת ההגירה, שהחלה לפעול בשנת 1920, היתה מופקדת, בין השאר, על רישום ושינויי שמות וכן על ענייני התאזרחות שונים. פרט לתיקי התכתבות ענייניים, מכילה חטיבה ארכיונית זו כ-50,000 תיקי בקשות להתאזרחות. תיקים אלה כוללים תצלומים וטפסי פרטים אישיים מן השנים 1934 – 1948, שהגישו בעיקר יהודים שעלו באופן חוקי לארץ-ישראל. ואולם, ניתן למצוא גם תיקים בודדים של ילידי הארץ אשר הגישו בקשה לקבלת אזרחות פלשתינאית.
על-פי רוב התיקים הינם משפחתיים, כלומר, מכילים את טפסי הבקשות והתצלומים של משפחה שלימה, וממופתחים על-פי שמו של ראש המשפחה (שהוא בדרך-כלל האב).
חומר גניאולוגי רב ערך מצוי גם בשאר תיקי החטיבה, שעוסקים בהנפקת דרכונים, אשרות ותעודות מעבר, וכן ברישום תיירים ומהגרים שהגיעו לארץ-ישראל.
על תיקים אלה חלות הגבלות עיון בהתאם לחוק הארכיונים ולתקנות העיון.

ג. משטרת פלשתינה (א"י): תיקי עולים בלתי-ליגליים (חטיבה 17) (קישור לחטיבה)

ספינות המעפילים אשר נתפסו על-ידי שלטונות המנדט הבריטי בחופי ארץ-ישראל, היו נמסרות לטיפולה של משטרת פלשתינה (א"י). בגנזך המדינה שמורים 295 תיקים המאורגנים על-פי ספינות שהגיעו בין השנים 1938 ל-1947, ובהם טפסי פרטים אישיים, חלקם בצירוף תצלומים. אחדים מן התיקים מתייחסים למעפילים שהוחזרו ארצה מן הגירוש בקפריסין, בין השנים 1946 ל-1947.
החומר צולם ונסרק, והוא זמין לציבור הרחב על-גבי צג מחשב באולם הקריאה בגנזך, כמו גם ברשת האינטרנט.

ד. ממשלת פלשתינה (א"י): האפוטרופוס על נכסי האויב (חטיבה 91) (קישור לחטיבה)

סדרת תיקים של הממשל המנדטורי, אשר עסקו בתביעות של אזרחי ארץ-ישראל כלפי מדינות באירופה, לשם השבת רכושם לאחר מלחמת העולם השנייה. חלק מן התביעות הוגשו עוד בזמן המלחמה, והטיפול באחרות נמשך גם סמוך לאחר קום המדינה (עד 1949). בתיקים אלה קיים מידע אישי רב הנוגע לתובעי הרכוש, יהודים יוצאי אירופה ברובם, ניצולי השואה וקורבנותיה.
החומר צולם ונסרק, והוא זמין לציבור הרחב על-גבי צג מחשב באולם הקריאה בגנזך, וכן ברשת.
חלק קטן מתיקים אלה שמור גם בארכיון הציוני המרכזי.

ה. ממשלת פלשתינה (א"י): מושל מחוז לוד – קצין מחוז תל-אביב (חטיבה 24) קישור לחטיבה)

בתקופת המנדט הבריטי הועברו העתקי תעודות נישואין וגירושין שנערכו על-ידי הרבנות אל משרדי קצין מחוז תל אביב. בתיקי מושל מחוז לוד, השמורים בגנזך המדינה, כלולים גם אלפים בודדים של תעודות נישואין וגירושין שהונפקו על-ידי משרדי הרבנות בתל-אביב והאזור (רמת-גן, פתח-תקווה, ועוד) בין השנים 1933 – 1945. מפתח ארגון התעודות הינו גיאוגרפי (על-פי יישובים).
על תיקים אלה חלות הגבלות עיון בהתאם לחוק הארכיונים ולתקנות העיון.

ו. משרד הקליטה והעלייה: רשימות עולים (חטיבה 136)

הפנקסים, שבהם נרשמו שמות כל העולים לארץ-ישראל על-ידי פקידי הסוכנות היהודית בנמלי הים ובמעברי הגבול של ארץ-ישראל, הופקדו בגנזך המדינה והם פתוחים לעיון הציבור. פנקסים אלה כוללים את שמות כל היהודים שעלו לארץ-ישראל באופן ליגלי (כלומר, הגיעו עם סרטיפיקטים או שוחררו בחסות הבריטים מספינות מעפילים), מ-1919 ועד ל-1948, וכן כל העולים לישראל מקום המדינה ועד לשנת 1975. הרשימות ערוכות על-פי תאריכים ומחולקות לפי הספינות שבהן הגיעו העולים, או לפי נמלי-היבשה והאוויר שדרכם נכנסו ארצה. חלק מן הפנקסים שמור בארכיון הציוני המרכזי.
החומר צולם ונסרק, והוא זמין לציבור הרחב על-גבי צג מחשב באולם הקריאה בגנזך, וכן  גם ברשת.

ז. מיפקד האוכלוסין של ועד הקהילה העברית בירושלים (חטיבה 172) (קישור לחטיבה)

בין פברואר לאפריל 1947 ערך ועד הקהילה העברית בירושלים, שהיה למעשה הגוף השלטוני האוטונומי היהודי בבירה, מיפקד. במיפקד זה השתתפו מרבית יהודי העיר, ובהם גם קבוצות בלתי-ציוניות מקרב היהודים החרדים. כרטיסי המפקד מחולקים על-פי השכונות בירושלים, ובהם מופיעים פרטיהם האישיים של כל אחד מבני המשפחה, לפי בתי-אב. לגבי ילדים, ציינו הפוקדים אף את שם בית-הספר והכיתה שבה הם לומדים. לכרטסת הכללית נוספו גם טפסי מילואים ותיקונים שנשלחו לוועד הקהילה מאת תושבי ירושלים השונים.
לחומר זה סופחו כרטסות בודדות ממפקד "משמר העם" שנערך בין אפריל למאי 1948 בירושלים, שכוללות בעיקר מידע על בתי עסק בבעלות יהודית במרכז הבירה.
על תיקים אלה חלות הגבלות עיון בהתאם לחוק הארכיונים ולתקנות העיון.

ח. הקונסוליה הגרמנית בירושלים (חטיבה 67.1) (קישור לחטיבה)

במשך כמעט מאה שנים, פעלו בארץ-ישראל נציגויות קונסולריות של מדינות גרמניה. לאחר סגירתן, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ב-1939, עברו תיקי הקונסוליות גלגולים שונים, עד אשר הופקדו בגנזך המדינה בסוף שנות החמישים. רוב החומר מורכב מתיקי הקונסוליה הגרמנית בירושלים. בתיקים מן המאה התשע-עשרה, ניתן למצוא תיעוד רב על חיי היהודים מן ה"יישוב הישן", ובהם תיקי נישואין, גירושין, הודעות על לידה, פטירה ושינויים במצב האישי. תיקי הקונסוליה משנות העשרים והשלושים כוללים תיעוד רב על יהודים ממוצא גרמני שעלו לארץ-ישראל, ובכלל זה טפסי פרטים אישיים שונים, ענייני דרכונים, נתינות ועוד. החומר מאורגן על-פי סדרות ענייניות.

ט. משרד הפנים – מירשם התושבים 1948-1949 (סידרה 73.0/6) (קישור לסדרה)

בנובמבר 1948 ערכה ממשלת ישראל מיפקד כללי בישראל לצרכי מרשם אוכלוסין וחלוקת תעודות זיהוי.  בגנזך המדינה מופקדים למעלה מ-300 מיכלי ארכיב ובהם טפסים אישיים של כל אחד מתושבי מדינת ישראל בזמן המיפקד. החומר מאורגן על-פי שיטת המיפקד, דהיינו, על-פי מפתח גיאוגרפי. כל טופס נושא מספר סידורי הזהה למספר תעודת הזהות.
על תיקים אלה חלות הגבלות עיון בהתאם לחוק הארכיונים ולתקנות העיון.

י. משרד הפנים – האגף לעליה ומרשם (סידרה 73.0/4) (קישור לסדרה)

בגנזך המדינה ניתן למצוא סדרה של אלפי דרכונים, תעודות זהות, תעודות הגירה, תעודות עלייה ותעודות אחרות של יהודים מכל רחבי העולם, בעיקר מסוף שנות הארבעים ועד לאמצע שנות החמישים של המאה העשרים. החומר נוצר, כנראה, במסגרת קיום הנוהל המקובל בזמנו של קבלת אזרחות ישראלית. נוהל זה כלל ויתור על האזרחות והדרכון (או תעודה מזהה אחרת) הקודמים, הפקדת התעודה במשרד הפנים וקבלת דרכון או/ו תעודת זהות ישראלית. חלק מן הדרכונים, כנראה הגיע ממחלקת ההגירה של ממשלת ארץ ישראל, שקיימה בתקופת המנדט הבריטי נוהל התאזרחות דומה. פרט לדרכונים ותעודות שהונפקו על-ידי מדינות ריבוניות, כוללת הסדרה גם תעודות שהנפיקו ארגונים וגופים שונים: "דרכון נאנסן" של חבר הלאומים, ארגון "קורבנות הפאשיזם", הממשל הצבאי הבריטי בקירינאיקה (לוב), הממשל הצבאי המערבי בגרמניה הכבושה, ועוד. יש לציין, כי מדובר באוסף מקרי של דוגמאות בלבד.
על חומר זה חלות הגבלות עיון בהתאם לחוק הארכיונים ולתקנות העיון.

יא. ועדת הבחירות המרכזית לכנסת – פנקסי הבוחרים לכנסת (חטיבה 52) (קישור לחטיבה)

אחד מתוצרי הלוואי של מערכות הבחירות לכנסת הוא הפנקסים של בעלי זכות הבחירה בישראל. רשימות אלה כוללות בתוכן פרטים אישיים מעטים, יחסית ובהם שם ומשפחה, שם האב, שנת לידה, מספר תעודת זהות וכתובת. פנקסים אלה כוללים בתוכם מידע על כלל האוכלוסייה הבוגרת בישראל בין 1948 ל-1989. הפנקסים מאורגנים על-פי אזורי מגורים – מספרי קלפיות. עם זאת, כיוון שהמידע בהם מבוסס על מאגר הנתונים של מינהל האוכלוסין במשרד הפנים, לא נרשמו פנקסים אלה באופן פרטני. על-כן, הגישה לחומר זה הינה מוגבלת.