מאגר המידע של גנזך המדינה כולל בתוכו חומר ארכיוני מתקופות שונות: החל מהתקופה העות'מאנית, עבור בתקופת המנדט וכלה בתקופת המדינה. החומר בגנזך המדינה כולל כמה מאות חטיבות/תת-חטיבות אליהן מקושרות כ-4,000 סדרות, שאליהן משויכים מאות אלפי פריטים.
יש לזכור, כי המידע הארכיוני המקוון שמוצג באתר האינטרנט הוא חלק ממאגר המידע של גנזך המדינה. הגנזך יוסיף ויעדכן את המאגר באינטרנט במשך הזמן ויציג את כל המידע הפתוח לעיון המשתמש. הגישה אל המאגר המלא הפתוח לציבור יכולה להיעשות באולם הקריאה בגנזך המדינה.
רצוי להתעדכן בנוגע להגבלות הגישה והעיון בחומר המצוי בגנזך המדינה בהתאם לחוק הארכיונים ותקנותיו.
לשם קבלת תוצאות חיפוש טובות במאגר המקוון רצוי להיעזר בהנחיות לחיפוש.

המאגר מכיל מספר סוגים של חומר שניתן לחלק למספר אוספים עיקריים:
א. אוסף תיקי מסמכים
ב. אוסף תצלומים
ג. אוסף סרטים
ד. אוסף קלטות קול
ה. אוסף מפות
ו. אוסף פרסומי מוסדות המדינה
 
מאגר המידע המקוון מסודר באופן היררכי על מנת לשקף ככל האפשר את הקשר של הרשומות לגוף היוצר. ישנן חמש רמות במאגר - מרמת החטיבה לרמת הפריט ולעיתים לרמת המסמך הדיגיטלי. 

•  חטיבה – משרד ממשלתי, מוסד, או ארגון שיוצר רשומות
  
• תת חטיבה – יחידה מנהלית של המשרד (בחלק מהמקרים זוהי יחידה מלאכותית עקב תשתית מערכת המחשוב בגנזך)
  
• סדרה – קיבוץ מרכזי של רשומות בעלות תפקיד או נושא משותפים
  
• פריט – יכול להיות תיק או מיכל, מיקרופילם וכד'.
  
• מסמך דיגיטלי – היחידה הקטנה ביותר בעלת משמעות אינטלקטואלית בארכיון (מסמך, קלטת, מפה).

ההיררכיה בין יחידות התיאור השונות שמוצגת באתר היא של אב/ בן כלומר, יחידת התיאור תת-חטיבה היא בן של החטיבה ואב של סדרה. כדי לעמוד על הקשר בין יחידות התיאור השונות ניתן לנווט באמצעות תפריט שנמצא בחלקו הימני של דף המאגר.